قصة فيلم ٤٨ ساعة في إسرائيل : تقوم أمل بتربية أخيها (نصر) بعد وفاة والدها وزوجها في إحدى غارات إسرائيل على السويس خلال النكسة. يكبر (نصر) ويلتحق بالعمل بالمخابرات المصرية ويسافر إلى (اليونان) من أجل الحصول على مايكروفيلم هام لكنه يختفي بعد أن يتم إختطافه ولكنه يتمكن من إخفاء المايكروفيلم. تقرر (أمل) السفر إلى اليونان للبحث عن أخيها. وتقوم كلًا من المخابرات المصرية والمخابرات الإسرائيلية (الموساد) بمراقبة (أمل) للحصول على المايكروفيلم، وتتوالى أحداث الفيلم.